Ceritanya berkisar pada Haruka Nanase, seorang anak laki-laki yang selalu suka berendam di air, dan berenang di dalamnya. Sebelum lulus sekolah dasar, ia mengikuti turnamen renang bersama rekan-rekan anggota klub renangnya, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki, dan Rin Matsuoka. Setelah meraih kemenangan, masing-masing anak laki-laki berpisah. Waktu berlalu, dan di tengah kehidupan SMA mereka yang lancar, Rin muncul dan menantang Haruka untuk bertanding, menunjukkan kepada Haruka kekuatannya yang luar biasa. Tidak ingin berakhir seperti ini, Haruka mengumpulkan Makoto dan Nagisa sekali lagi dan membawa anggota baru bernama Rei Ryugazaki untuk membuat Klub Renang SMA Iwatobi untuk mengalahkan Rin.